西藏军区总医院前身是川东军区直属医院，1949年11月组建于重庆市长寿县，1955年更名为陆军第49医院，同年奉命进藏。



1962年被命名为西藏军区总医院，并迁入现址。医院占地面积约41万余平方米，建筑面积7万余平方米；编制床位400张，现展开床位550张；编制干部、战士550人，现有645人；设有4部机关，14个行政科室，29个临床、医技科室，以及全军高山病防治研究中心、全军拉萨血站、成都军区创伤外科中心、
西藏军区制剂中心、自治区医学重点实验室和中西医结合研究所；同时为第三军医大学拉萨临床医学院、西藏大学教学医院，是集医疗、科研、教学和保健为一体的“三甲”医院。



目前，医院拥有磁共振、数字减影、CT、X光机、大型高压氧舱群、中心监护系统等价值4000余万元的医疗设备；有博士生导师1人、硕士生导师3人、博士后4人、博士研究生13人、硕士研究生48人，临床一线医生全部达到了大学本科以上学历。



“九五”期间，全院共获科技进步奖112项，其中：国家科技进步三等奖l项，军队科技进步二等奖6项，自治区科技进步一等奖2项，自治区科技进步二等奖8项，军队科技进步三等奖33项，军队科技进步四等奖62项。