眼科是同仁医院的重点学科。同仁眼科的历史可以追溯到清朝末年的光绪年间。当时的北京乃至中国北方，尚没有西医眼科。一位被称为“蓝大夫”的美国医生，受基督教美以美会的派遣，在北京建立了一家眼科诊所。经过一个多世纪的发展，成为今天的同仁医院。百年积累，春华秋实，几代眼科医护人员以精湛的医术和良好的信誉打造了同仁
眼科长盛不衰的金色品牌。



同仁医院为适应入世和医疗卫生体制改革的形势，重组建的同仁眼科中心，设立眼科临床部、眼科研究所、防盲指导办公室（WHO防盲合作中心）、眼库（国际眼库协会会员）和视光学系；是国家教育部中国高等学校重点学科和北京市重点实验室。临床部下设白内障、
青光眼、眼底病、角膜病、眼外伤整形、眼肌斜弱视、眼眶病眼肿瘤、眼中医和眼屈光等9个专业及4个分支；研究所下设基础部、应用基础部、行政部和防盲研究室以及眼科分子生物、眼科遗传病、眼科细胞生物学与细胞移植、眼科药理、眼科病理等6个专业实验室。中心专业齐全、临床技术突出、仪器设备先进、具有较高的
学术水平，在眼底病、难治性青光眼、复合性眼外伤、角膜移植、准分子激光角膜屈光矫正手术、白内障人工晶体植入、激光诊疗、防盲指导、低视力研究等方面居国内领先地位，某些领域达到国际先进水平。中心承担着多项国家继续教育